Фавро подписался на проект «Ковбои против пришельцев», когда еще не подошел к концу монтаж-но-тонировочный период «Железного человека 2». Он начал встречаться с маститыми продюсерами, в число которых помимо Стивена Спилберга со стороны DreamWorks вошли Брайан Грейзер и Рон Ховард из Imagine Entertainment. В первую очередь следовало придумать облик пришельца. Студия Legacy Effects, с которой Фавро сотрудничал на трех своих предыдущих лентах, должна была изготовить муляж для съемок, но супервайзер компании Шейн Мэ-хен убедил руководство позволить творческой группе также поработать и над дизайном.

Заголовок показался мне очень броским, — вспоминает Фавро, — но знал об этом проекте я немного. Потом я встретился с Бобом и Алексом, которые в тот момент заканчивали работу над сценарием и вскоре выслали его мне на ознакомление. Прочитав черновой вариант, я тут же с ними связался, что происходит нечасто. Как правило, ты читаешь сценарий и видишь некий потенциал, но в этом случае все было сразу на месте, и тон повествования был выбран очень верный».

Бомбардировщик продолжает падать в Арктическое море. Аниматоры Double Negative создали виды неба и земли за иллюминатором и кадры с падающим на лед бомба-дировщиком. Текстуры льда были сделаны по фотографиям, отснятым в Норвегии.

«Мы не хотели опираться на традиционный концепт-арт и дорисовку,— рассказывает Питер Бебб.—Поэтому поехали в Норвегию, арендовали вертолет и привезли целую тонну материала. К тому времени мы уже знали, чего хочет Джо, поэтому сняли пролеты на вертолете в HD и распланировали все манипуляции с цифровыми проекциями в 3D».

Стив берет в свои руки управление самолетом, направляет его в бомбардировщик и вступает в финальную схватку с Красным Черепом. Эти сцены были сняты в огромной декорации, поставленной на подвижную платформу, которая могла имитировать движения бомбардировщика, когда он теряет управление. Во время съемки Джо Джонстон заставил бомбардировщик пикировать, чтобы усилить напряженность драки.

«Нам нужно было придумать, как создать невесомость внутри этой установки, — рассказывает Кристофер Таунсенд. — Это была огромная конструкция (установка занимала весь павильон), поэтому мы не могли поставить ее вертикально. Но потом мы поняли— потолок ничем не отличался от пола! Так что однажды ночью декораторы просто оторвали все решетки с пола, а съемочная группа повернула камеры вверх, и мы сняли висящих на тросах актеров. Комбинируя трюковую и операторскую работу, а также спецэффекты, мы добились иллюзии невесомости в кадре».

Внутри комплекса Гидры Стив видит огромный ангар, где Шмидт собрал войска вокруг суборбитального бомбардировщика. Съемочная группа построила самолет и расположила 50 солдат Гидры на блестящем полу студии огромного павильона Шеппертон. Ведущие 3D художники Double Negative Джордан Керк и Элисон Уортман создали дополнения декораций, а ведущий композер Питер Джо-плинг увеличил количество солдат, использовав элементы переднего плана и спроецировав их на карты в Nuke для создания тысячи солдат.